细胞进行有氧呼吸的主要场所在线粒体内。无氧呼吸主要在细胞基质内。有的原核生物，如硝化细菌和根瘤菌，虽然没有线粒体，但却含有全套的与有氧呼吸有关的酶，这些酶分布在细胞质基质和细胞膜上，因此，这些细胞是可以进行有氧呼吸的。

细胞进行有氧呼吸的反应方程式

有氧呼吸：

总：

葡萄糖+6氧气+6水=12水+6二氧化碳+能量(热+38ATP)

分：

葡萄糖+酶=2丙酮酸+2ATP

+4【H】

+热能

场所：细胞质基质

2丙酮酸+酶+6水=6二氧化碳+20【H】+2ATP+热能

场所：线粒体基质

24【H】+6氧气=12水+34ATP+热能

场所：线粒体内膜

无氧呼吸：

总：1.葡萄糖+酶=2乳酸+热能+2ATP

场所：乳酸菌，高等动物，植物器官

2.葡萄糖+酶=2酒精+2二氧化碳+热能+2ATP

场所：马铃薯块根，甜菜块茎