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北京中医药大学开设的专业有中医学专业、制药工程专业、针灸推拿学专业、康复治疗学专业、公共事业管理专业、工商管理专业、护理学专业等。
| 学院 | 专业及专业方向 | 学制 |
|---|---|---|
| 北京中医药大学基础医学院 | 中医学（岐黄国医班） | 九年 |
| 中医学（卓越中医班） | 五年+三年 | |
| 中医学（卓越中医京华班） | 五年+三年 | |
| 中医学（卓越中西医班） | 五年+三年 | |
| 中医学（卓越中医儿科班） | 五年+三年 | |
| 中医学 | 五年 | |
| 中医学（实验班） | 五年 | |
| 北京中医药大学中药学院 | 中药学（中药方向） | 四年 |
| 中药学（中药学与中药分析方向） | 四年 | |
| 中药学（中药资源与开发方向） | 四年 | |
| 中药学（临床中药方向） | 四年 | |
| 制药工程（中药制药方向） | 四年 | |
| 制药工程（生物制药方向） | 四年 | |
| 药学 | 四年 | |
| 北京中医药大学针灸推拿学院 | 针灸推拿学 | 五年 |
| 针灸推拿学（针刀方向） | 五年 | |
| 针灸推拿学（康复方向） | 五年 | |
| 中医学（卓越针推） | 八年 | |
| 中医学（卓越针推对外） | 八年 | |
| 康复治疗学 | 四年 | |
| 北京中医药大学管理学院 | 公共事业管理 | 五年 |
| 工商管理 | 四年 | |
| 药事管理 | 四年 | |
| 信息管理与信息系统 | 四年 | |
| 北京中医药大学护理学院 | 护理学 | 四年 |
| 北京中医药大学人文学院 | 法学（医药卫生） | 四年 |
| 英语（医学、中医药国际传播） | 四年 |
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