首都医科大学王牌专业：临床医学、口腔医学、护理学、生物医学工程、预防医学、药学、中医学等。

国家重点学科：外科学（神外）、眼科学、耳鼻咽喉科学、神经生物学、内科学（呼吸系病）、内科学（心血管病）、神经病学、儿科学。

国家重点（培育）学科：内科学（消化系病）、影像医学与核医学。

中国中医药管理局重点学科：中西医结合、中医眼科学、中医心病学、中医脾胃学、中医肿瘤学、中医皮肤病学、针灸学、中医传染病学（培育）、中医疮疡病学、中医急症学、临床中医学、中医络病学（培育）、中医传染病学（培育）、中医神志病学（培育）

交叉学科北京市重点学科：全科医学