武汉工程大学王牌专业有：制药工程专业、应用化学专业、高分子材料与工程专业、过程装备与控制工程专业、化学工程与工艺专业。

最好的学科专业名单

国家级重点学科（2个）：化学制药，为原化工部重点学科，现发展为制药工程专业。化学工艺，1998年获原化工部高等学校重点学科。

国家级特色专业（5个）：应用化学、高分子材料与工程 、过程装备与控制工程、制药工程 [20] 、化学工程与工艺。