福建双一流大学有两所，分别是福州大学和厦门大学。厦门大学是中国近代教育史上第一所华侨创办的大学，也是国家“211工程”和“985工程”重点建设的高水平大学。

厦门大学设有研究生院、6个学部以及30个学院和16个研究院，形成了包括人文科学、社会科学、自然科学、工程与技术科学、管理科学、艺术科学、医学科学等学科门类在内的完备学科体系。学校现有18个学科进入ESI全球前1%，拥有5个一级学科国家重点学科、9个二级学科国家重点学科。

福州大学是国家“双一流”建设高校、国家“211工程”重点建设大学、福建省人民政府与国家教育部共建高校。学校创建于1958年，现已发展成为一所以工为主、理工结合，理、工、经、管、文、法、艺等多学科协调发展的重点大学。学校现设89个本科专业；38个一级学科硕士点、21个硕士专业学位授权点；11个一级学科博士点、2个二级学科博士点（不含一级学科覆盖）；11个博士后科研流动站。学校拥有1个国家重点学科、1个国家重点(培育)学科，“化学科学与工程学科群”入选国家公布的世界一流学科建设名单，化学学科进入国际ESI学科排名前1‰，4个学科进入国际ESI学科排名前1%。