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教育部直属高等学校指由教育部直属管理的一批高等学校，是中央部门直属高等学校的重要组成部分。教育部直属的普通高校共有75所。其中北京市最多，共有24所，以下是具体名单。
| 地区 | 学校名称 | 一流学科建设名单 |
|---|---|---|
| 北京(24所) | 清华大学 | 法学、政治学、马克思主义理论、数学、物理学、化学、生物学、力学、机械工程、仪器科学与技术、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、电气工程、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、建筑学、土木工程、水利工程、化学工程与技术、核科学与技术、环境科学与工程、生物医学工程、城乡规划学、风景园林学、软件工程、管理科学与工程、工商管理、公共管理、设计学、会计与金融、经济学和计量经济学、统计学与运筹学、现代语言学 |
| 北京大学 | 哲学、理论经济学、应用经济学、法学、政治学、社会学、马克思主义理论、心理学、中国语言文学、外国语言文学、考古学、中国史、世界史、数学、物理学、化学、地理学、地球物理学、地质学、生物学、生态学、统计学、力学、材料科学与工程、电子科学与技术、控制科学与工程、计算机科学与技术、环境科学与工程、软件工程、基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学、艺术学理论、现代语言学、语言学、机械及航空航天和制造工程、商业与管理、社会政策与管理 | |
| 中国人民大学 | 哲学、理论经济学、应用经济学、法学、政治学、社会学、马克思主义理论、新闻传播学、中国史、统计学、工商管理、农林经济管理、公共管理、图书情报与档案管理 | |
| 北京交通大学 | 系统科学 | |
| 北京语言大学 | — | |
| 中央戏剧学院 | 戏剧与影视学 | |
| 中央美术学院 | 美术学、设计学 | |
| 北京科技大学 | 科学技术史、材料科学与工程、冶金工程、矿业工程 | |
| 北京化工大学 | 化学工程与技术(自定) | |
| 北京邮电大学 | 信息与通信工程、计算机科学与技术 | |
| 中国农业大学 | 生物学、农业工程、食品科学与工程、作物学、农业资源与环境、植物保护、畜牧学、兽医学、草学 | |
| 北京林业大学 | 风景园林学、林学 | |
| 中国传媒大学 | 新闻传播学、戏剧与影视学 | |
| 北京师范大学 | 教育学、心理学、中国语言文学、中国史、数学、地理学、系统科学、生态学、环境科学与工程、戏剧与影视学、语言学 | |
| 中央音乐学院 | 音乐与舞蹈学 | |
| 对外经济贸易大学 | 应用经济学(自定) | |
| 北京中医药大学 | 中医学、中西医结合、中药学 | |
| 北京外国语大学 | 外国语言文学 | |
| 中国地质大学(北京) | 地质学、地质资源与地质工程 | |
| 中国矿业大学(北京) | 安全科学与工程、矿业工程 | |
| 中国石油大学(北京) | 石油与天然气工程、地质资源与地质工程 | |
| 中国政法大学 | 法学 | |
| 中央财经大学 | 应用经济学 | |
| 华北电力大学 | 电气工程(自定) | |
| 天津(2所) | 南开大学 | 世界史、数学、化学、统计学、材料科学与工程 |
| 天津大学 | 化学、材料科学与工程、化学工程与技术、管理科学与工程 | |
| 上海(8所) | 上海外国语大学 | 外国语言文学 |
| 复旦大学 | 哲学、政治学、中国语言文学、中国史、数学、物理学、化学、生物学、生态学、材料科学与工程、环境科学与工程、基础医学、临床医学、中西医结合、药学、机械及航空航天和制造工程、现代语言学 | |
| 华东师范大学 | 教育学、生态学、统计学 | |
| 东华大学 | 纺织科学与工程 | |
| 上海财经大学 | 统计学 | |
| 华东理工大学 | 化学、材料科学与工程、化学工程与技术 | |
| 同济大学 | 建筑学、土木工程、测绘科学与技术、环境科学与工程、城乡规划学、风景园林学、艺术与设计 | |
| 上海交通大学 | 数学、化学、生物学、机械工程、材料科学与工程、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、土木工程、化学工程与技术、船舶与海洋工程、基础医学、临床医学、口腔医学、药学、电子电气工程、商业与管理 | |
| 重庆(2所) | 重庆大学 | 机械工程(自定)、电气工程(自定)、土木工程(自定) |
| 西南大学 | 生物学 | |
| 辽宁(2所) | 大连理工大学 | 化学、工程 |
| 东北大学 | 控制科学与工程 | |
| 吉林(2所) | 吉林大学 | 考古学、数学、物理学、化学、材料科学与工程 |
| 东北师范大学 | 马克思主义理论、世界史、数学、化学、统计学、材料科学与工程 | |
| 黑龙江 | 东北林业大学 | 林业工程、林学 |
| 江苏(7所) | 南京大学 | 哲学、中国语言文学、外国语言文学、物理学、化学、天文学、大气科学、地质学、生物学、材料科学与工程、计算机科学与技术、化学工程与技术、矿业工程、环境科学与工程、图书情报与档案管理 |
| 东南大学 | 材料科学与工程、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、建筑学、土木工程、交通运输工程、生物医学工程、风景园林学、艺术学理论 | |
| 中国矿业大学 | 安全科学与工程、矿业工程 | |
| 中国药科大学 | 中药学 | |
| 河海大学 | 水利工程、环境科学与工程 | |
| 江南大学 | 轻工技术与工程、食品科学与工程 | |
| 南京农业大学 | 作物学、农业资源与环境 | |
| 浙江 | 浙江大学 | 化学、生物学、生态学、机械工程、光学工程、材料科学与工程、电气工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、农业工程、环境科学与工程、软件工程、园艺学、植物保护、基础医学、药学、管理科学与工程、农林经济管理 |
| 安徽 | 合肥工业大学 | 管理科学与工程(自定) |
| 福建 | 厦门大学 | 化学、海洋科学、生物学、生态学、统计学 |
| 山东(3所) | 山东大学 | 数学、化学 |
| 中国海洋大学 | 海洋科学、水产 | |
| 中国石油大学 | 石油与天然气工程、地质资源与地质工程 | |
| 湖北(7所) | 武汉大学 | 理论经济学、法学、马克思主义理论、化学、地球物理学、生物学、测绘科学与技术、矿业工程、口腔医学、图书情报与档案管理 |
| 华中科技大学 | 机械工程、光学工程、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、电气工程、计算机科学与技术、基础医学、公共卫生与预防医学 | |
| 武汉理工大学 | 材料科学与工程 | |
| 中南财经政法大学 | 法学(自定) | |
| 华中师范大学 | 政治学、中国语言文学 | |
| 华中农业大学 | 生物学、园艺学、畜牧学、兽医学、农林经济管理 | |
| 中国地质大学(武汉) | 地质学、地质资源与地质工程 | |
| 湖南(2所) | 湖南大学 | 化学、机械工程 |
| 中南大学 | 数学、材料科学与工程、冶金工程、矿业工程 | |
| 广东(2所) | 中山大学 | 哲学、数学、化学、生物学、生态学、材料科学与工程、电子科学与技术、基础医学、临床医学、药学、工商管理 |
| 华南理工大学 | 化学、材料科学与工程、轻工技术与工程、农学 | |
| 四川(4所) | 四川大学 | 数学、化学、材料科学与工程、基础医学、口腔医学、护理学 |
| 电子科技大学 | 电子科学与技术、信息与通信工程 | |
| 西南交通大学 | 交通运输工程 | |
| 西南财经大学 | 应用经济学(自定) | |
| 陕西(5所) | 西安交通大学 | 力学、机械工程、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、电气工程、信息与通信工程、管理科学与工程、工商管理 |
| 长安大学 | 交通运输工程(自定) | |
| 西北农林科技大学 | 农学 | |
| 陕西师范大学 | 中国语言文学(自定) | |
| 西安电子科技大学 | 信息与通信工程、计算机科学与技术 | |
| 甘肃 | 兰州大学 | 化学、大气科学、生态学、草学 |
教育部直属高等学校指由中华人民共和国教育部直属管理的一批高等学校，是中央部门直属高等学校的重要组成部分。
中华人民共和国教育部直接管理一批高等院校，目的是在探索改革上先走一步，在提高教学、科研和社会服务等方面发挥示范作用。
经过全国高校管理体制的调整，一批实力较强、学科特色鲜明的高校均划归教育部直属管理，建国以来国家历次所确定的全国重点大学多为教育部直属高校。
2018年，国家教育部召开支持和提升中西部高等教育发展座谈会，部署启动部省合建工作。通过部省合建这一新的机制和模式，在尚无教育部直属高校的省份，按“一省一校”原则，将重点建设郑州大学等14所高校，并纳入国家教育部直属高校序列。
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