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南京医科大学的录取分数线是根据考试区域来划分的，一般需要考到523分以上，但是南京医科大学各个专业录取的分数是有一定差别的，不是考到最低分就可以去自己想去的专业，热门专业报考的人数多，相应的分数线就会提高，冷门专业报考的人少，分数线就会降低，具体以官方公布为准。
| 年份 | 录取批次 | 招生类型 | 最低分/最低位次 | 省控线 | 专业组 | 选科要求 |
| 2021 | 本科批 | 普通类 | 610/5039 | 417 | -6 | 首选物理，再选化学/生物(2选1) |
| 2021 | 本科批 | 普通类 | 582/16009 | 417 | -7 | 首选物理，再选化学/生物(2选1) |
| 2021 | 本科批 | 普通类 | 537/49357 | 417 | -5 | 首选物理，再选化学 |
| 2021 | 本科批 | 普通类 | 523/62875 | 417 | -4 | 首选物理，再选不限 |
| 2021 | 本科提前批 | 地方专项计划 | 584/14932 | 417 | -2 | 首选物理，再选化学/生物(2选1) |
下面是南京医科大学在上海2021年的部分专业录取分数线：
| 专业名称 | 录取批次 | 平均分 | 最低分/最低位次 | 选科要求 |
| 口腔医学 | 本科批 | 552 | 551/5356 | 物理、化学(2科必选) |
| 临床医学（儿科医学方向。5+3一体化） | 本科批 | 542 | 536/8082 | 物理、化学(2科必选) |
| 临床医学 | 本科批 | 542 | 535/8283 | 物理、化学(2科必选) |
| 应用统计学（生物统计学方向） | 本科批 | 526 | 523/10776 | 物理、化学(2科必选) |
| 预防医学 | 本科批 | 529 | 514/12648 | 物理、化学(2科必选) |
| 康复治疗学 | 本科批 | 520 | 512/13080 | 物理、化学(2科必选) |
| 卫生检验与检疫 | 本科批 | 520 | 511/13304 | 物理、化学(2科必选) |
| 公共管理类（公共事业管理（卫生事业管理）专业） | 本科批 | 511 | 511/13304 | 不限 |
| 临床药学 | 本科批 | 516 | 510/13526 | 化学必选 |
| 医疗保险 | 本科批 | 509 | 508/13979 | 不限 |
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