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南京信息工程大学信息管理与信息系统系、会计系（会计方向财务管理方向）、国际经济与贸易系、市场营销系、人力资源管理系、物流管理系、金融工程等专业。
世界一流学科建设学科：大气科学
国家级特色专业：大气科学、应用气象学、环境科学、电子信息工程、计算机科学与技术
国家级综合改革试点专业：大气科学、信息与计算科学
国家级卓越工程师教育培养计划专业：雷电防护科学与技术、电子信息工程、环境工程
二级学科国家重点学科：气象学
江苏省一级学科国家重点学科培育建设点：大气科学
| 学院 | 专业（方向）名称 |
| 大气科学学院 | 大气科学 |
| 大气物理学院 | 大气科学（大气物理方向） |
| 大气科学（大气探测方向） | |
| 安全工程 | |
| 应用气象学院 | 应用气象学 |
| 应用气象学（公共气象服务方向） | |
| 农业资源与环境 | |
| 生态学 | |
| 海洋科学学院 | 海洋科学 |
| 海洋技术 | |
| 水文气象学院 | 大气科学（水文气象方向） |
| 电子与信息工程学院 | 电子信息工程 |
| 电子科学与技术 | |
| 通信工程 | |
| 信息工程 | |
| 计算机与软件学院 | 计算机科学与技术 |
| 软件工程 | |
| 网络工程 | |
| 物联网工程 | |
| 信息安全 | |
| 信息与控制学院 | 测控技术与仪器 |
| 电气工程及其自动化 | |
| 自动化 | |
| 轨道交通信号与控制 | |
| 环境科学与工程学院 | 环境科学 |
| 环境工程 | |
| 环境生态工程 | |
| 给排水科学与工程 | |
| 应用化学 | |
| 大气科学（大气环境方向） | |
| 地理与遥感学院 | 遥感科学与技术 |
| 测绘工程 | |
| 地理信息科学 | |
| 自然地理与资源环境 | |
| 人文地理与城乡规划 | |
| 数学与统计学院 | 数学与应用数学 |
| 信息与计算科学 | |
| 统计学 | |
| 应用统计学 | |
| 物理与光电工程学院 | 物理学 |
| 应用物理学 | |
| 材料物理 | |
| 光电信息科学与工程 | |
| 经济管理学院 | 信息管理与信息系统 |
| 市场营销 | |
| 会计学 | |
| 财务管理 | |
| 人力资源管理 | |
| 经济统计学 | |
| 金融工程 | |
| 国际经济与贸易 | |
| 物流管理 | |
| 公共管理学院 | 公共事业管理 |
| 行政管理 | |
| 法学 | |
| 语言文化学院 | 汉语言文学 |
| 汉语国际教育 | |
| 英语 | |
| 翻译 | |
| 日语 | |
| 传媒与艺术学院 | 动画 |
| 数字媒体艺术 | |
| 艺术与科技 |
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