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上海海事大学有航海技术、轮机工程、航运管理、物流管理、热能与动力工程、交通运输、交通工程、管理科学、工商管理、国际经济与贸易、会计学、电气工程及其自动化、机械电子工程、物流工程、自动化、电气工程与智能控制等王牌专业。
国家级特色专业：物流管理、航海技术、机械设计制造及其自动化、轮机工程、航运管理。
学科建设：国家重点（培育）学科：交通运输规划与管理（隶属交通运输学院）。
交通部重点学科：产业经济学、交通运输规划与管理。
上海市重点学科：载运工具运用工程、交通运输规划与管理、物流管理与工程、港口机械电子工程、国际法学（海商法）。
| 本科专业 |
| 交通运输 |
| 物流管理 |
| 交通工程 |
| 航运管理 |
| 航运管理+英语 |
| 法学（海商法） |
| 经济学（海运与物流经济） |
| 国际经济与贸易 |
| 金融学（海运金融） |
| 会计学 |
| 会计学（国际会计） |
| 会计学（ACCA课程班） |
| 财务管理 |
| 工商管理 |
| 旅游管理 |
| 电子商务 |
| 管理科学 |
| 机械设计制造及其自动化 |
| 机械电子工程（港口机械） |
| 工业工程 |
| 物流工程 |
| 电气工程及其自动化 |
| 自动化 |
| 测控技术与仪器 |
| 机械电子工程（中荷） |
| 电气工程与智能控制（中荷） |
| 计算机科学与技术 |
| 信息管理与信息系统 |
| 网络工程 |
| 电子信息工程 |
| 通信工程 |
| 环境工程 |
| 安全工程 |
| 港口航道与海岸工程 |
| 船舶与海洋工程 |
| 材料科学与工程 |
| 英语 |
| 英语（翻译） |
| 英语（国际商务） |
| 日语 |
| 信息与计算科学 |
| 数学与应用数学 |
| 行政管理 |
| 工业设计 |
| 艺术设计 |
| 绘画 |
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