学院下设训练部、政治部、院务部、科研部四个部和七个系、一个战役训练班、一个军事理论研究所,有军事理论、战略、战役、战术、作战指挥等十五个教研室、一个教育技术中心和战略、战役战术、作战运筹等九个研究室、一个信息中心。
按照总部确定的训练任务规划,学院开办空军战役指挥、航空兵战术指挥、部队政治工作、后勤装备指挥等十五个专业。此外,学院还承担培训外军留学生的任务。
四十多年来,学院坚持以教学为中心,在不断改革、不断探索中前进。学院围绕航空兵中级指挥、战役指挥和研究生培训的主体任务,瞄准未来高技术条件下局部战争和空军部队现代化建设的需要,为培养高素质新型军事人才,展开了全过程、深层次的教学改革,初步实现了由培养指挥一般条件下单一兵(机)种作战,向培养指挥高技术条件下多兵(机)种作战的合成型人才的历史性跨越,受到总部和空军机关的充分肯定。目前,学院已形成了以培养高素质新型军事人才为目标,以学科、课程、教材、教学方法、教学手段、教学管理为重点的新型教学体系,创建了航空兵战术指挥等一批具有鲜明特色和优势的学科专业,拥有了博士、硕士学位授予权,被总部确定为重点建设院校、重点建设学科、重点建设实验室的“三重”院校,构成了以研究生教育为先导,以培(轮)训教育为主体,以函授教育为补充的多层次的训练体制。