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本专业始建于2002年，同年正式招收本科生，毕业授予工学学士学位。本专业培养掌握制药工程方面的知识体系，具备一定实验操作技能，能在医药部门从事新药研发、药物生产工艺研究、制药工程设计、药物质量控制以及相关科学管理、技术服务等方面工作的高级复合型专门人才。制药工程专业以山东省医学科学院药物研究所为依托，专业基础课、专业课教学主要由药物所的科研人员承担。

主要课程：有机化学、药理学、药物化学、药剂学、化学制药工艺、药物合成反应、化工原理、工程制图基础、药物制剂工程、制药设备与工艺设计、药品生产质量管理工程。