学校设有19个学院、系、部,并设立研究生院和生命科学研究院。有“973”首席科学家2人、 国家“千人计划”专家4人、“长江学者”3人,专任教师2229人,其中高级专业技术人员1482人、博士生导师218人,以及 “卫生部突出贡献中青年专家”、“国家杰出青年科学基金获得者”、国家“百千万人才工程”人选、教育部“新世纪优秀人才支持计划”人选等高层次人才近百人。
学校现有附属医院6所(综合性医院4所,儿童医院、口腔医院各1所)。在《2011年中国最佳医院综合排行榜》(全国100所)中,附属儿童医院、附属第一医院、附属第二医院分别排名第49位、第68位、第94位。各附属医院共拥有国家临床重点专科20个,居全国前列。医院开放床位10000余张,年门诊量790余万人次,年收治住院病人近39万人次。另有3所附属医院正在建设阶段。此外,有9所非直属附属医院和30多所教学医院分布在重庆、四川及深圳等地。